El proceso evangelizador en la Nueva España es un factor clave enla conquista de México, las tres órdenes religiosas a la llegadade los españoles es un factor que predomina hasta nuestros días, la orden franciscana con Motolinia como un benefactor a los grupos étnico no solo permitió la conquista espiritual; también contribuyó al aprendizaje de los diferentes dialectos hablados en la época mesoamericana.

Conforme al proceso histórico de Huehuetoca Ildefonso Ramírez Gil nos hace remembranza sobre la conquista espiritual en la región que como se mencionó con anterioridad la conquista espiritual es el que más prevalece hasta nuestros días y que como todo proceso histórico inicia por la dominación no solo de territorios sino del modo de visualizar la vida e influir sobre los vencidos.Con Hernán Cortés desembarcaron 11 franciscanos y un mercedario llamado Bartolomé de Olmedo; dos de ellos fallecieron en la guerra de conquista y 10 regresaron enriquecidos a España. Los mercedarios eran frailes de la Orden de Santa María de la Merced, fundada en 1218 por Pedro Nolasco. La orden, de carácter militar en sus orígenes, tenía la misión de rescatar esclavos católicos en los países musulmanes. A partir del Concilio Vaticano II asumió la tarea de combatir las nuevas formas sociales, económicas y políticas de esclavitud. En 1530 la orden se instaló en México.En 1538 los mercedarios fundaron un convento en Chiapas; en 1589, otro en Puebla; en 1539 crearon el primer colegio en la ciudad de México, donde también construyeron la iglesia y claustro de la Merced, de 1630 a Al establecerse el sistema de encomiendas, las órdenes religiosas fueron incluidas en el reparto de tierras: los franciscanos recibieron 10 mil hectáreas con 70 monasterios y 45 mil 550 indígenas; los agustinos 77 monasterios con siete mil 400 indígenas; los dominicos 60 monasterios con 20 mil 200 indígenas. Los padres obligaban a las indígenas de las encomiendas a hilar y tejer, y si estaban amancebadas las golpeaban y castigaban por eso. Además, tenían mujeres a su disposición en las cocinas y para toda clase de usos, a las que mantenían encerradas en calidad de depositadas. Los curas aprovechaban para juntar niñas de 10 años, a las que enclaustraban hasta los 20 e incluso hasta los 40, para hacerlas trabajar. Los dominicos se distinguieron por su crueldad con los indígenas. Por ejemplo, los obligaban a sujetar a sus hijos pequeños, desnudos, mientras los azotaban, y los mantenían encerrados a pesar de que las leyes lo prohibían. El total de naturales que pasaron a la esclavitud se calcula en tres millones. Al instalarse la Santa Inquisición en la Nueva España, los padres se portaron más exigentes. El primer inquisidor fue fray Juan de Zumárraga, nombrado por Alonso Manrique, inquisidor general de España.Fue hasta 1542 cuando la corona, preocupada por el genocidio que se estaba perpetrando en la Nueva España, dictó las Leyes de Indias para proteger a los indígenas, pero nunca se cumplieron. En 1542 terminaron las encomiendas pero continuó la esclavitud. En 1570, 38 franciscanos conservaban como tributarios a 45 mil indígenas; 30 dominicos dominaban a 20 mil indígenas; nueve agustinos a siete mil; y nueve curas independientes tenían 22 mil tributarios.Los religiosos españoles se convirtieron en amos y señores absolutos tanto de lo espiritual como de lo temporal. Para llevar a cabo la pacificación e imposición del nuevo orden concedieron tierras a los indígenas importantes, que debían cumplir muchas condiciones; estaban obligados a abrazar la fe cristiana; sus pueblos debían entregar 10% de sus habitantes a los españoles; tenían que implantar nuevos cultivos para proveer de comida hispana a los conquistadores y eran obligados a construir casas a todos los españoles. Asimismo, tenían prohibido explotar el subsuelo, que era trabajo exclusivo de los europeos, y no podían vestir ni cortarse el pelo como ellos. Además, los niños indígenas eran separados de sus padres para evitar la idolatría, y se destruyó toda su organización con el exterminio de los sacerdotes, jefes militares y caciques que se negaron a colaborar con la evangelización. Los indígenas que gozaban de mercedes de tierra también debían criar una docena de gallinas y seis guajolotes para surtir de carne y huevos a los españoles. En los siglos XVI y XVII, los 35 jesuitas del Colegio de San Francisco Javier, con sede en Tepotzotlán, contaban con la mano de obra de 45 mil 500 indígenas con los que lograron poblar el paisaje mexicano con parroquias, capillas, monasterios, acueductos y haciendas, entre ellas la de Xalpa. En Teoloyucan, pueblo que no estaba sujeto a Cuautitlán ni a Huehuetoca, nacido de la desecación de la laguna de Zitlaltepec, sus habitantes, que eran muy creyentes, construyeron bajo la dirección de los jesuitas la parroquia de San Antonio, en el centro, y una capilla en el barrio de Cuaxoxoca.

En Huehuetoca también se construyeron capillas en el barrio de San Bartolo, que contaba con su cementerio, en Santa María, en San Miguel Jagüeyes y en Santiago Tlaltepoxco, cuyo terreno era tan grande como el de Huehuetoca y tenía también un cementerio.

La primera referencia sobre Huehuetoca se da a propósito de los bautizos registrados el 10 de mayo de A partir de esta fecha se celebraron misas todos los domingos y durante Semana Santa. Para 1635 ya existía una pequeña capilla en Huehuetoca, que también se utilizaba como sala de cabildos. El edificio consagrado al Santísimo Sacramento fue construido, gracias a una colecta hecha por Juan Figueroa, pagador de la obra de desagüe de la ciudad de México, en honor a todas las vidas perdidas durante la realización del Tajo de Nochistongo. El 16 de marzo de 1654 se decidió llamarla parroquia de San Pedro y San Pablo. En 1720 Antonio Cano, mayordomo de Santiago Tlaltepoxco, dio cuenta de la destrucción de la capilla del poblado y aseguró que la imagen de Nuestra Señora de la Asunción había sido llevada a Tepeji del Río, por lo que solicitó autorización para recuperarla, remozarla y construir un nuevo templo para colocarla.El 3 de mayo de 1733, Lorenzo de los Ángeles solicitó al virrey permiso para formar la Hermandad de las Benditas Ánimas, mismo que le fue concedido. Tomás de la Torre y Santiago de la Cruz fueron elegidos mayordomo y diputado, respectivamente. En 1746, el cura Joseph Antonio Morales se dio a la tarea de edificar un nuevo templo porque el que había estaba muy deteriorado. La construcción sólo contaba con la bóveda del presbiterio, dos bóvedas de cañón y los medios puntos y lunetas. El padre también hizo una sacristía para colocar al Divino Sacramento.El 15 de noviembre de 1784 se promulgó una ley para regular el tamaño de los santuarios, pues algunos eran trazados excesivamente grandes. Para el 17 de junio de 1808 las obras de la parroquia estaban atrasadas, por lo que la Iglesia concedió, en un edicto, 80 días de indulgencias a todos los que contribuyeran con su trabajo. Al templo le fueron añadidas la portada y otras dos puertas, una para el baptisterio y capilla de ánimas, y la otra, adornada con un retablo, daba al púlpito elaborado en hueso. También se instalaron dos pilas de cantera: una como aguamanil y la otra para el agua bendita. El 8 de septiembre de 1850 ya estaban concluidos los arcos que soportan las cinco bóvedas. Como era preciso continuar con la cúpula, se dispuso vender la plata existente, parte de la cual se quedó el señor Luis de la Parra, quien ofreció pagar un peso por cada onza. El resto fue enviado a la ciudad de México para ser vendida por el propio De la Parra, que aceptó esa comisión y debía, además, comprar piezas de latón para que en la iglesia se pudieran efectuar las celebraciones. Con miras a seguir la construcción fueron protegidos los laterales y las imágenes. En el mismo año de 1850, la Iglesia concedió 120 días de indulgencias por cada oración que se rezara en la parroquia de San Pedro y San Pablo. El 20 de julio de 1856 fueron repuestas las campanas, que costaron 410 pesos con 1.2 reales. El 22 de octubre de 1856, Joaquín Primo de Rivera, secretario de la Cámara y Gobierno del arzobispo de México, ordenó entregar tierras del ayuntamiento que estaban destinadas al culto. Además, fueron reconocidas las donaciones de dos terrenos propiedad de Alonso Velázquez, que habían sido hipotecados a don Juan de Palafox en 1758, y luego regalados a la capellanía. El 19 de junio de 1858 un temblor dañó la parroquia de San Pedro y San Pablo, por lo que el 1 de agosto del mismo año se le pagó al arquitecto Antonio Balero la cantidad de tres mil 500 pesos para que hiciera las reparaciones. El 19 de septiembre de 1860, el señor De la Parra informó que la venta de los objetos de plata generó 806 pesos. El costo de las piezas de latón para el servicio de la iglesia fue de 78 pesos y, luego de descontar otros gastos, quedaron para la obra 708 pesos con tres cuartos de real.Don Joaquín Primo de Rivera fue a bendecir la primera piedra de ambos lados del crucero, así como la ampliación de la parroquia. Esta parte de la obra fue concluida el 22 de mayo de En la parroquia se guardaban todos los documentos religiosos y judiciales. El primer juicio importante fue celebrado el 8 de octubre de La iglesia de San Pedro y San Pablo en Huehuetoca, de medianas proporciones, consta de una nave principal y bóveda de cañón con grandes ventanales rectangulares. Encima del crucero se construyó la cúpula de silueta parabólica, en gajo, sobre tambor octagonal con ocho ventanas de arco rebajado. Sobre el muro de la entrada, en las esquinas, hay dos torres de un solo cuerpo cúbico con cuatro ventanas camperas y un remate como chapitel, que sigue la forma tradicional de la región de Tepotzotlán. La portada es de estilo churrigueresco. La puerta principal es de arco de medio punto con sencilla arquivolta y, a nivel del coro, se abre un cuello poligonal. Frente al atrio se dejó libre un terreno amplio para el cementerio En 1859 la parroquia fue reconstruida y se le añadieron dos torres y un toque barroco a la fachada. El atrio aún conserva las cuatro capillas donde se instruyó en el catecismo a los naturales. Al fondo, la parroquia de San Pedro y San Pablo. Eusebio Quintana Rodríguez fue párroco en Huehuetoca durante ocho años.